日本時間で2010/10/17 23:00頃、URL短縮のOw.lyもbit.lyもダウンしていました。
リビアドメインであるため、イスラム法 (シャリア) に違反している見なされるとサービスが受けられなくなるとの噂もあります。
噂が真実どうか別として、両方のサービスが同時にダウンしていたのは間違いが無いので、URLの短縮サービスに「goo.gl」等を追加して頂けないでしょうか。

iPhone版では新着を読み込んだ後、既読位置に留まるようになっていますが、設定によって最新に自動で移動するオプションも欲しいです。

AMとPMがうまく判断できてない様です。例えば午前10時頃に午後7時頃のスケジュールを入れるとします。19時を選択して設定すると押すのですが表示は7時となり、エラーになります。

リンクがある場合と無い場合で公開範囲が異なる様です。
以下私のブログ記事ですが…
In-Reply-Toと公開範囲： http://bit.ly/diksE5
ピリオドの意味： http://bit.ly/deqyzZ
HootSuiteでIn-Reply-TotつきのRTをする。： http://bit.ly/aH4gHu

ここぞとばかりに最新のツールを利用するだけで、お客の事を考えない利益優先のメディア関係者の各種宣伝・番宣等の露骨なつぶやきは自動的にブロックして下さい。コンテンツ展開が無視されてる地域にとって、不快極まりないです。わがままなのは承知してます。m(_ _)m

大量にフォローしている場合に、フォローしている人の発言をコラムに振り分けて表示する機能が欲しい。

メッセージ作成枠内の文字数カウンタが入力している文章と重なって、そうなると文章が見えない。改行（スクロールアップ）するとか、下の文字を透かすなど、考慮が欲しいです。

いちいち所定場所にURLだけ入れて「短縮する」を押さないといけないのが面倒。本文中にURLがあると「短縮する」を押せばその場で短縮される、というふうにならないものか（iPhoneアプリでよくあるように）

一般のツイート、自分のツイート、自分に対する返信ツイートごとにツイート背景の色を変更してはどうでしょうか？　そうすれば一目で自分のツイートや返信ツイートがわかり、見逃すことも少なくなると思います。

日本語のツイートのみを表示できるようにしてほしい。

元発言へのリンクIDが四捨五入されていて正しいリンクになっていません。Tweet_idではなくTweet_id_strを使ってください。JavaScriptの桁数扱いの限界を超えているために起こるバグのようです。対応お願いします。公式だと↓このへんの情報
http://engineering.twitter.com/2010/06/announcing-snowflake.html

ブラウザの枠に入り切らないカラムを見るのがやや不便なのでサイドバーにそのカラムに切り替えるボタン（タブ）のようなものが欲しいです

僕はtwitterとamebaなうをよく使います。
一元利用できるようになるととても助かります。
もしよろしければ、Amebaなうも対応SNSに追加してください。
お願いします。

公式RTと引用RTを設定で選択するのではなく、ツイート時に選択できるようにしてもらえると嬉しいです。

PC用Webアプリ版は、複数のストリーム（タブ）を同時に更新しに行っているようですが、ずらした方がApi負荷が減るのではないでしょうか？

リストをストリームに振り分けて利用していますが、フォローしている人同士のリプライがほとんど表示されないのを改善して欲しい。
一部の人とHome Feedでは表示されるのですが非常に不便です。